O projecto visou aumentar a eficácia da organização e eficiência do funcionamento do GEPE do MINSA, garantindo um reforço qualitativo e quantitativo da gestão de programas e projectos do Ministério, em particular no que diz respeito ao seu acompanhamento e avaliação.
Neste contexto, estabilizou-se uma linha de orientação Estratégica do GEPE no horizonte de Médio /Longo–Prazo, operacionalizou-se um sistema de acompanhamento de Programas e Projectos, composto por uma metodologia, instrumentos e capacidades de Avaliação e Monitorização dos programas e projectos e procurou-se capacitar os recursos humanos do MINSA na utilização do sistema de avaliação e monitorização.